«Όταν σταματάμε να αποδεχόμαστε τους περιορισμούς της πραγματικότητας, μπορούμε να την ξεπεράσουμε.»
Ο Joaquin Phoenix είναι χορτοφάγος από τα τρία του χρόνια. Αυτή η επιλογή τον ώθησε σε αγώνες για τα δικαιώματα των ζώων, ενώ είναι έντονα πολιτικοποιημένος. Είναι σε σχέση με την ηθοποιό Rooney Mara, με την οποία έχουν δύο παιδιά.
Έχει παραδεχτεί ότι αντιμετώπισε προβλήματα με τον αλκοολισμό. Στα μέσα της δεκαετίας του 2000, μπήκε σε πρόγραμμα αποτοξίνωσης, γεγονός που έχει προσθέσει αυθεντικότητα στους έντονους ρόλους του.
Ο θάνατος του μεγαλύτερου αδελφού του, River Phoenix, από υπερβολική δόση το 1993, επηρέασε βαθιά τον Joaquin. Η απώλεια αυτή τον έκανε να αποσυρθεί προσωρινά από την υποκριτική και σημάδεψε τις επαγγελματικές του επιλογές.